Tra le sezioni di più alto valore si distinguono quelle dedicate alle città sepolte dal Vesuvio, le cosiddette “Collezioni Pompeiane”, con l’eccezionale raccolta di mosaici, pitture e stucchi ammirati da tutto il mondo.
In queste sale prevale la qualità delle opere stesse, il cui valore espressivo colpisce il visitatore anche nell’assenza di un adeguato supporto didascalico. La collezione è attualmente in corso di riallestimento, dato che molte delle raccolte si presentano ancora nell’organizzazione per generi ideata dal Fiorelli.
È auspicabile, che si tenga conto della storia stessa della formazione delle collezioni e che, allo stesso tempo, si illustrino le caratteristiche tecniche dei mosaici e delle pitture, il valore dei ritrovamenti degli utensili e di oggetti di vita quotidiana, attraverso ricostruzioni di contesti e di edifici.