Nel corso dei primi mesi del 2008 Invitalia, insieme all'Unità di valutazione degli investimenti pubblici (UVAL) del Dipartimento per lo Sviluppo e la Coesione Economica del MISE, ha tenuto degli incontri con le Direzioni regionali del MiBACT per individuare le possibili candidature a Polo museale di eccellenza. Nel caso della Sicilia, le ricognizioni sono state effettuate presso l'Assessorato dei Beni culturali e dell'Identità siciliana.
Il Comitato scientifico di indirizzo e alta sorveglianza ha poi selezionato le prime 8 candidature su cui avviare le analisi di prefattibilità: L'Aquila, Sepino, Taranto, Golfo di Napoli, Sibari, Palermo, Sassari - Porto Torres, Melfi - Venosa.
All'inizio del 2009 il Comitato scientifico ha individuato 9 ulteriori candidature: Olbia, Ragusa-Siracusa, Trapani, Locri, Metaponto, Brindisi, Otranto, Castel del Monte, Napoli.
Negli ultimi mesi il Progetto è stato attivato per altre 4 candidature: Napoli-Capodimonte, Cagliari, Bari e Napoli-Palazzo Reale.